疼痛感：宫腔灌注过程中，患者可能会感到轻微到中等程度的疼痛或不适，尤其是在灌注针插入宫颈时。出血：手术后可能出现少量阴道出血或分泌物增多的情况。感染风险：任何侵入性操作都存在一定的感染风险，虽然发生概率较低，但仍需警惕。
焦虑与期待：反复进行宫腔灌注治疗可能会给患者带来较大的心理负担，尤其是对于长期未见明显效果的患者而言，这种过程中的不确定性和等待结果的心理压力尤为显著。经济压力：多次尝试不仅耗费时间和精力，还会增加经济负担，更确切的是当治疗不在医保报销范围内时。个体差异大：不同患者对同一治疗方法的反应差异较大，有的患者可能从中获益，而有的则可能收效甚微甚至无效。长期影响未知：目前关于宫腔灌注长期效果的研究尚不充分，其对胚胎发育及胎儿健康的影响仍需更多临床数据支持。
宫腔粘连：虽然罕见，但反复操作可能酿成宫腔内壁损伤，进而引起粘连。输卵管损伤：操作不慎还可能损伤输卵管，影响自然受孕的能力。